这个世界的某个都市莫名的被消灭，被消灭的所有人都死了，在这样的情况下却有一名叫做小雪少女生还，小雪虽活下来却被不明组织抓走，一名叫做拓也的男人自称受到委托而骑着车去将她救了出来；《消灭都市》玩家要扮演生还少女小雪与拓也一起前往各处寻找发生消灭的主因，因此而和不明组织发生各种冲突。

剧情以漫画对白的方式呈现，让玩家以理解现在的进展

战斗必须努力收集相应属性的魂珠才能攻击敌人

玩家要操控小雪与拓也一路上不断地收集魂珠，这些魂珠累积到一定的数量就可以让队伍中的魂体攻击敌人，当我方体力归零就算闯关失败，敌方体力归零自然就算战斗成功罗，每个关卡都有不同数量的敌人需要应付，只要战胜所有的敌人就算闯关成功。

收集彩色的魂珠能够累积所有属性的攻击力

每个关卡都有数波的敌人出现

魂体之间也有属性相克与成就的设定设定，玩家如果想要轻松通关且同时拿到成就就必须尽量使用属性相克的队伍才比较有机会直接通关，否则还是老实点慢慢来吧；随着关卡进行将会解锁更多不同的功能，这些功能能够帮助你的队伍更轻松的通关。

有时想通关还必须仰赖队长技能

也有活动关卡供玩家挑战

《消灭都市》玩起来有许多场景变化，包含关卡中有许多道具可用，也可能碰上陷阱，掉到深渊并非死亡而是会扣除一些血量等，玩起来与跑酷游戏有点像却又是不一样的玩法；角色强化对于队伍强度的影响不算小，如果遇到卡关不妨先花些时间强化队伍的角色再来挑战。